Comigo (Asus eeePC 1000H com Ubuntu 9.04 Desktop) funcionou alterando, na opção Dispositivo de Voz (em Opções do Skype), as configurações para:
Entrada de som: HDA Intel (hw: Intel,0)
Saída de som: pulse
Campainha: pulse
Quando eu cliquei em "Faça uma chamada de teste", o volume da saída ficava bom mas o de minha gravação ficava muito baixo. Então, depois de várias tentativas, funcionou clicando com o botão direito no ícone de som do painel e escolhendo "Capture: HDA Intel - AL269 ALSA Analog (Pulse Audio Mixer)". Com esta opção marcada mas com a caixa de diálogo ainda aberta, cliquei no ícone do som e coloquei o volume quase no máximo.
Um abraço.