Uma maneira eficiente de fazer backup é colocar o arquivo.html em outra partição ou em uma midia removível.
Quando estiver no firefox, veja em favoritos -> organizar
Depois selecione Arquivos -> exportar
Os seus favoritos serão exportados com o nome bookmarks.html
Pode ser gravado onde vc achar necessário, mas o ideal é grava-lo também em outra partição.
No ocasião em que se perde os favoritos, geralmente é por fomatação desta partição.
Fazer um backup na mesma partição vai ajudar muito pouco.
Para restaurar é só usar Arquivos -> Importar
Os favoritos online é um lance bom, como diz o edureis, um caso a testar.