Cara terror ein...
Já passei por isso a muitos anos atrás num Pentium 2, mas no meu caso a culpa foi do Kernel(na época ninguém acreditava, ninguém acreditou mas foi isso). Meu relógio as vezes ia além de não informar a hora certa, perder a hora... As vezes ele chegava a adiantar e atrasar 1 hora, 2 horas a olho nú.
Eu já ia falar em NTP(podia ser que o seu servidor de NTP estivesse bugado ou sei la) mas como você falou ai não deve usar NTP.
Seguinte se você usa sistemas com diferentes esquemas de hora e alterna muito entre eles pode ser isso.
Se você simplesmente estático no seu sistema nota que ele ta cometendo esse erro grave ai... então a culpa é do sistema em questão.
Recomendo você fazer mais um teste que é de deixar a máquina sem conexão, parada no sistema em questão(sem alternar) e se possível sem executar tarefas nela(sem rodar ou entrar em qualquer usuário ou executar programas, no máximo no terminal para fazer a tomada de tempo), parada mesmo, mas funcionando. Desative se for possível qualquer tipo de sistema de economia de energia. E veja se tem algum resultado melhor ou igual ao da bios.
Se for o kernel é ter um pouco de paciência e esperar correção, dependendo do que for se for um modulo você poderá interromper esse módulo ou remove-lo da lista de 'hotplug'. Se for algo mais intrinsico que não possa ser removido, pode existir algum parametro pra você executar no boot que resolva ou desative a função que está degradando o funcionamento correto do relógio.
No inicial e no final, depois que fizer a tomada de tempo use o comando dmesg cheque pra ver se ocorreu alguma diferença ou algum evento ocorreu durante o periodo do procedimento de teste.
Tópico: Sincronismo de relógio - atrasa conforme o tempo passa (Lida 5146 vezes)