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Existe um motivo para os botões das janelas estarem do lado esquerdo. É para facilitar o acesso ao lançador do Unity, aquela barra que fica do lado esquerdo do seu desktop. Você fecha ou minimiza um programa, e não tem que arrastar o mouse por toda a tela.
Habitue-se a usar assim, depois você vai ver que é mais prático mesmo. No Xubuntu, esses botões ficam do lado direito da janela, eu sempre troco para o lado esquerdo, para acessar rápido o whisker menu.