A solução deveria estar em especificar um deslocamento inicial de 2.048 setores, que é um offset de 1 megabyte, o que aborda a maioria dos cenários de tamanho de unidade, mas a questão, na verdade, é que o problema sequer deveria estar ocorrendo, a menos que, por exemplo, isso esteja sendo feito a partir de uma versão desatualizada do Diskpart da Microsoft, num XP mais antigo e igualmente desatualizado.
Se tiver usando o Gparted creio que se deixar 1MB no início do disco, antes da partição, deveria resolver o problema, pois que o alinhamento é automático nele, como também é automático no Windows pelo menos desde 2003.
Mas também pode ser que no BIOS esteja sendo usado o endereçamento CHS (Cylinder/Head/Sector), ao invés de LBA (Logical Block Addressing) e então isso fica emperrando
De toda forma é necessário descrever melhor o cenário aí existente.
1) Qual a versão do Ubuntu que está tentando instalar?
A partição /dev/sda2 atribuida a / inicia com um deslocamento de 3072 bytes a partir do alinhamento mínimo para este disco, o que pode levar a um desempenho muito fraco
2) Esse alerta você está obtendo a partir do gerenciador de disco do Windows ou no Linux?
3) Se do gerenciador do Windows, qual versão do Windows (XP, Vista, 7, etc..)?
4) Se for no Linux, qual particionador você está utilizando?
5) qual o sistema de arquivos escolhido, é o ext4 ?
6) Para vermos a situação atual é bom informar aqui:
sudo fdisk -l
(no final é sinal de hífen mais letra ele)
7) e também:
sudo parted -l
(idem hífen mais letra ele)
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Muito, mas muito IMPORTANTE mesmo: tenha sempre backup dos seus dados antes de qualquer tarefa envolvendo particionamento de disco!
Depois não diga que não foi alertado.