Não entendi.
Você quer um aplicativo voip, semelhante ao skype, ou quer um outro aplicativo que use o protocolo do Skype?
Se quer um voip que use o protocolo do Skype, isto não existe. O protocolo do Skype é proprietário, da Microsoft. Use o Skype para linux.
Existem outros protocolos voip, utilizados em aplicativos como o ekiga por exemplo.
Mas nenhum interage com o Skype.