leandrocardoso, eu fiquei sem entender agora. Você disse que usa o Ubuntu 16.04 (Xenial Xerxus), mas os erros de repositórios que você colocou são da versão 13.04 (Raring Ringtail) já há muito sem suporte ( acabou em Janeiro de 2014)!
Então precisamos saber que versão você está realmente executando aí!
Você por um acaso vem atualizando de versões do Ubuntu desde a 13.04, é isso? Sem instalações do zero?
No terminal, favor executar os comandos, copie e cole os resultados deles aqui pra gente ver:
lsb_release -a
cat /etc/*release
uname -a
grep ^ /etc/apt/sources.list /etc/apt/sources.list.d/*
De que maneira você tentou remover os repositórios com erros?