Quero instalar o Ubuntu na minha maquina que tem o Win 8.1, quero substituir o Win, e nao fazer dual boot, porem quero manter todos arquivos de programas, como faço isso?
Arquivos de programas do Windows só rodam no Windows. Eles não funcionam no Linux, pois é outro sistema operacional.
Já seus dados pessoais, planilhs, textos, músicas, etc. Estes funcionam e são abertos no Linux.
No Windows use o gerenciador de partições. Diminua a partição do Windows e no espaço não alocado resultante, crie uma nova partição e copie/mova para lá os seus dados.
Isto feito, instale o Ubuntu escolhendo o particionamento manual.
Porém, pelo teor de sua questão, posso intuir que tem poucos conhecimentos em informática, assim deixo uma sugestão :
Grave a iso do Ubuntu usando o programa Unetbootin instalado no seu win8. Dentro do Unetbootin, escolha uma quantidade de espaço do seu pendrive como área persistente ou persistent mode.
Com isto você pode usar o Ubuntu por algum tempo sem instalar na máquina e sem perder seus dados do win8.
Com isto você testa o sistema, aprende um pouco mais sobre o Ubuntu e quando estiver seguro de sua opção, faz a instalação física na maquina.