Não entendi bem o seu ponto de vista.
Compactação de arquivos são executadas através de um algoritmo, geralmente patenteado e comum ao programa utilizado para tal (lha, arc, zip, tar, etc)
Qualquer sistema operacional do mundo que usar o mesmo programa de compactação estará utilizando o mesmo algoritmo.
Assim, por esta ótica, sua afirmação não tem sentido.
Melhor perguntar qual o compactador mais seguro, ou o que use melhor algoritmo de compactação, ou o mais universalmente aceito, etc.
Neste ponto, o formato zip é o maid aceito, confiável e disponível em todos os sistemas.
Tar, quase que só em Unix/linux
Lha usa o melhor algoritmo (compacta mais) mas é pouco usado.
E vai por aí...
Bons estudos