Bom, vamos lá. Primeiramente: em linux os arquivos executáveis não possuem extensão (diferentemente do windows, por exemplo, que usa a .exe). Para rodar um arquivo executável faça o seguinte: abra o terminal e navegue até o diretório do arquivo que desejas executar e digite o seguinte:
./nome_do_arquivo_executavel
Onde "nome_do_arquivo_executavel" é o nome do arquivo que tu queres rodar.
Quanto a IDE, eu sinceramente não vejo necessidade em utilizar uma IDE para C/C++, mas, caso tu realmente queiras, vejo o NetBeans e o Eclipse como boas opções. Eu prefiro usar o próprio Geany para editar um código um pouco longo, salvar em algum diretório, compilar e executar manualmente pelo terminal. Para outras ocasiões eu utilizo o gedit mesmo.
Espero ter ajudado.