Não sei se entendi bem sua pergunta, mas vá lá: no princípio era tudo modo texto, interfaces gráficas vieram muito depois, então não há novidade em acesso a outros computadores por linha de comando.
O acesso remoto típico, sobretudo para efeitos de administração, é feito pelo SSH (Secure Shell).
O protocolo SSH veio com a intenção de substituir o telnet e o rlogin, em razão de serem inseguros.
O PuTTY que você menciona é um cliente SSH e telnet, apenas que para a plataforma Windows.
Um guia básico, antigo, porém muito bem escrito (autoria do Morimoto):
http://www.hardware.com.br/tutoriais/dominando-ssh/