Mas isso aí do autorun.inf infectado é um vírus de Windows, não é?
Até consegue eliminar, mas o jeito certo não é esse.
Quem usa Windows necessariamente precisa ter um bom antivírus instalado e permanentemente atualizado.
Funciona muito bem, se adquirir uma licença, por exemplo, do Norton Internet Security (ou Kaspersky, dentre outros) é muitíssimo improvável que você volte a ter algum problema com vírus ou qualquer espécie de contaminação no Windows.
Não resolve usar o Linux e ir "na unha" eliminar os vírus no sistema Windows, pois se não tiver um antivirus instalado e atuando no Windows, quando for usar novamente o Windows estará de novo sujeito à contaminação, o que inevitavelmente irá ocorrer se não tiver a proteção adequada e correta de um bom antivírus.
Assim sendo, usar Linux para eliminar vírus no Windows e não instalar um antivírus no Windows vira algo muito próximo a enxugar gelo, não é racional.
De toda forma, tendo em conta as ressalvas acima, querendo, e como um primeiro passo (desnecessário, porque seu antivírus Windows também consegue fazer isso com muito menos trabalho para você), pode instalar e usar o Clamav.
O Clamav não limpa, apenas irá indicar as contaminações. A limpeza tem que ser feita "na unha" mesmo.
Leia especialmente o post #445 desse tópico, estão lá instruções muito claras quanto a instalar e usar o Clamav:
http://ubuntuforum-br.org/index.php/topic,168.msg650372.html#msg650372
