Nao entendi muito bem o que é que desapareceu.
É perfeitamente possível configurar monitor somente através do terminal usando o xrandr, como se mostra aqui nesse tópico:
Como Utilizar no notebook dois monitoreshttp://ubuntuforum-br.org/index.php/topic,120802.msg663166.html#msg663166Mas parece que não é apenas disso que você está falando.
A interface gráfica de configuração dos monitores desapareceu?
Essa entrada aqui das Configurações de sistema não existe mais?
O que levaria a abrir essa janela:
Se for isso, execute numa janela de terminal:
unity-control-center
depois faça mais especificamente:
unity-control-center display
Se não estiverem abrindo as janelas respectivas pode experimentar reinstalar o unity-control-center, notando que isso estará reinstalando todo o centro de controle e não apenas a classe display.
sudo apt-get install --reinstall unity-control-center