Eu tive um problema parecido, mas resolvi.
No Nautilus: clique em "Ver", e depois em "Exibir Arquivos Ocultos".
Veja não existe uma pasta chamada .Trash
O ubuntu cria uma pasta oculta para usar de lixeira. Então, mesmo que você ache que o pendrive está vazio, podem ter 500MB nessa pasta.
Aqui, foi só apagar essa pasta que ele "voltou a ter espaço".
PS. O ubuntu sempre cria essa pasta, então ficar conferindo as vzs o tamanho dela.