acho que o rapaz já conseguiu se resolver mais deixo aqui uma forma de consegui jogar neogeo atari nitendo e afins no ubuntu 12.04LTS
instale os seguintes pacotes:
sudo apt-get install libexpat-dev make autoconf automake gcc sudo build-essential libx11-dev libxv-dev libgtk2.0-dev libxml-parser-perl
baixe xmame 0.106
http://www.franksworld.org/dist/xmame/xmame-0.106.tar.bz2extria entre na sua pasta pessoal: no terminal faça
cd xmame-0.106
make
sudo make install
feito isso agora baixe Gxmame 0.35 beta 2
http://en.sourceforge.jp/frs/g_redir.php?m=jaist&f=%2Fgxmame%2Fgxmame%2F0.35beta2%2Fgxmame-0.35beta2.tar.gzextraia tambem na sua pasta pessoal: no terminal faça
./configure --enable-joystick
make
sudo make install
pronto agora é executar gxmame no terminal e jogar, se der algum problema ao iniciar sobre xmame executable vai em options -> Directories e em xmame executable coloque isso "/usr/local/bin/xmame.x11" sem aspas, apos ter feito isso ou se não der erro nenhum vá em option -> rebuild game list.
agora é só colocar as roms em /usr/lib/games/xmame/roms/ ou indicar onde as roms estão e jogar.