Uso o protocolo RDP para acessar um servidor com Windows 7, e neste caso prefiro o programa nativo do KDE (Krfb) mais amigável que o Vinagre quem vem no Ubuntu, além de ter mais opções que o mesmo.
Agora quanto aos outros protocolos, sobretudo VNC não posso falar, mais farei um teste para ver o desempenho de ambos.
E ainda temos uma solução comercial, porém com uma opção gratuita, o Team Viewer, que tem uma versão semi-nativa para o Linux agora.
Falta de opções não será o motivo de ficar sem conectar!