Petter, eu estou na correria nem li todos os posts. Mas se eu entendi direito (espero ter entendido) você quer criar um lançador pra uma aplicação java, mas essa aplicação java requer a execução de um Script. E esse script chama a aplicação java, entendi direito?
Se sim tenta o seguinte:
Primeiro veja se esse script tem permissão de execução. Clique com o botão direito nele e vá em propriedades depois em Permissões.
Checado isso, crie o lançador (no seu desktop por exemplo) clicando com o botão direito na área de trabalho e indo em "Criar Lançador". Preencha os campos, selecione um ícone tudo bonitinho, dai no campo comando, coloque o caminho para o script shell sacou?
Se não der certo (to meio sem tempo de testar), delete o lançador e crie outro, mas desta vez ative a caixinha "Executar em um Terminal".
Se nada disso der certo, apele!! Abra um terminalzinho e entre com o seguinte comando:
sudo apt-get install xterm
Isso vai instalar o xterm, um terminal de comandos muito utilizado.
Dai crie o lançador e no campo "comando" coloque o seguinte comando:
xterm -e "/caminho/para/o/script"
Esse último é apelação. Não vejo como não dar certo hehehe.
Abraços!