É apenas uma questão de gosto pessoal numa máquina desktop dividir em partições separadas o /home e o /.
Pense o seguinte, no /home, é onde ficam guardados todos os arquivos pessoais de todos os usuários e várias de suas configurações pessoais, se você por acaso precisar reinstalar a distribuição, seus arquivos pessoais não serão perdidos, nem de todos os outros usuários. Essa é uma das vantagens de possuir a partição /home separada do resto do sistema.
O lado ruim disso, é que a utilização "total" do HD é muito difícil, sendo necessário criar alguns diretórios e mexer com permissões para permitir que usuários gravem fora do /home em caso de uma emergência de falta de espaço.
Agora quando aos sistemas de arquivos, o melhor a fazer é você testar por conta própria, o "melhor" pode variar caso em caso e de usuário para usuário.
Na minha opinião e baseado em alguns testes, o melhor até agora foi o
XFS, rápido, estável e ocupa pouco espaço no HD.
O
EXT3 ocupa um espaço grande com seus dados, não é muito rápido se comparado aos outros, mas nunca me deixou na mão, aparentemente é o mais estável.
O
ReiserFS é o mais rápido, mas consome alguns recursos a mais do processador que os outros e já me deixou com sérios problemas com uma partição corrompida e o sistema sem inicializar...
Se você quer saber mais sobre sistemas de arquivos, leia esse artigo na wikipédia, é bem interessante e explicativo:
http://en.wikipedia.org/wiki/File_system