Eu não lembro exatamente as etapas porque faz tempo que não instalo uma versão server, mas tenho certeza que ao final do particionamento você deve permitir que as informações sejam gravadas.
Assim não tem problema você fazer alguns testes, pois ele só altera o HD ao final mesmo, e se mesmo assim não conseguir você pode criar a partição estendida (com o espaço que deseja usar o Linux) no windows, e durante a instalação do Ubuntu você a usa.
Claro que no windows você só vai criar a partição estendida, pois o windows não terá opção para criar as partições em padrão Linux (ext3, ext4, reiserfs, e etc).