Vamos por partes!
A indicação do Windows de 931GB em um HD de 1TB não está errada. Os fabricantes é que "arredondam" os números para "vender melhor".
Um kilobyte = 1024 bytes
1,000,000,000,000 bytes = 976,600,000 kilobytes = 953,674 megabytes =
931.3 gigabytes = 0.905 terabytes.
Você ainda perde espaço a ser utilizado com a criação da tabela de partição e na formatação do HD.
Por exemplo, vamos dizer que você comprou aquele armazém para guardar suas coisas, mas você não quer simplesmente "jogar" tudo lá dentro, quer deixar tudo organizado, para encontrar tudo o mais rápido e facilmente possível, mesmo ele sendo enorme. O que você faz? Coloca estantes e prateleiras com corredores vazios entre elas para facilitar seu acesso. Agora você tem o mesmo espaço disponível de antes? Não! Mas quando começar a encher o armazém, você poderá ter tudo organizado e com fácil acesso.
A anologia pode ser tosca, mas é bem parecido, durante a formatação do disco ele vai criar blocos, inodes e journal, tudo isso ocupa espaço para organizar os dados dentro do disco e manter sua integridade. Este espaço dos blocos, inodes e do journal não vai ser utilizado para guardar seus dados!
Então se o fabricante fosse utilizar a numeração dos bytes correta, 1TB = 1000 GB seriam 1,099,511,627,776 bytes.
Se o deixe confuso, leia aqui:
http://www.clubedohardware.com.br/blog/confuso-com-kb-x-kib-mb-x-mib-gb-x-gib-também-x-tib/447
Quanto a "perda" da partição. Que partição se perdeu aí?