Comandos como apt-get, aptitude, apt-build, wget entre muitos outros, usados para a instalação de pacotes, necessitam de internet para encontrar algo em um repositório, caso o arquivo estiver dentro de seu HD, mais precisamente na pasta /var, ele pode ser instalado. Se você não o tiver, somente com a internet.
Os demais comandos são a mesma coisa que você faz na interface gráfica, a interface gráfica é uma representação do que acontece na linha de comando! você não precisa de internet para copiar, recortar arquivos, escrever textos, editar arquivos e etc... já para instalar pacotes via Adicionar/Remover ou Synaptic precisa, o Adicionar/Remove e o Synaptic são interfaces gráficas para o apt-get.
Tudo que se faz gráficamente, se faz no Terminal (Consola), ainda não podemos dizer vice-versa.
Busque ler o Guia Foca LinuX para aprender/conhecer mais sobre os diretórios, organização, funcionamento e os principais comandos do GNU/LinuX.
Bom estudo!