Alguns pontos:
- Mkv é um contêiner e o que importa é o codec de video.
- O vlc vem com os codecs embutidos, então pouco importa o que você instala pro sistema. Se quiser testar isso, vai ter que usar outro reprodutor, ai recomendo o mplayer ou mpv.
- Pra ver erros, é melhor que use o terminal.
------
Outra coisa, o vlc incluído no Ubuntu nem sempre é o mais recente, as vezes atualizando seu problema é resolvido.