Opa, opa!
Calma, calma!
Sobre a primeira dúvida, até hoje eu não sei te responder, pois, comigo funciona no "não mexo e não estrago"
=)
Agora, sobre a segunda pergunta, eu sei te responder bem:
Os ".exe" do windows, no línux são substituídos por 2 tipos: ".deb" e arquivos (pré)compilados.
"O que são arquivos (pré)compilado?"
- Arquivos compilados são arquivos que você coloca na pasta que você quer e executa ele, já funcionando. Arquivos pré-compilados são arquivos que você têm que compilar no sistema, para ele construir um programa com as bibliotecas do seu computador.
Exemplos de arquivos compilados: Firefox (do site, não o que já vem com o Ubuntu).
Normalmente eles estão compactados em tar e gzip (famoso ".tar.gz"). Esse método de compressão é tão bom que ele comprimi até 70% de um arquivo (dados "inventados", mas sei que é próximo disso).
Arquivos pré-compilados vem com um tutorial de instalação, normalmente (até hoje nunca vi nada diferente) é só dar um "./configure", "make", "make install" (nessa ordem).
Pois bem: O mais próximo do ".exe" é o ".deb". Nele é só clicar 2x e dar um e somente um next. O próprio instalador te avisa se todas as dependências para o seu uso estão satisfeitas, se não, ele te avisa o que você tem que instalar (dependências são a "ovelha negra" do línux).
Não se pode escolher aonde vai instalar este tipo de arquivo, mas, até acho melhor assim, pois, no Windows, alguns usuários tem mania de sair instalando tudo em qualquer lugar, dai na hora de remover, já viu né?(Vivendo e aprendendo
)
E também um motivo bom para isso é que, arquivos ".deb" que são instalados dessa maneira poderão ser desinstalados pelo Synaptic ou Central de Software.
O que esses 2 programas fazem na verdade (Central de Software é um Synaptic mais bonito e com alguns filtros) é pegar os ".deb" dos programas que você está querendo, que já estão no servidor, e instalar junto com suas dependências (quando precisa-se) de maneira automática e sem dor.
Espero ter ajudado.
Me corrijam se estiver errado, pois sempre acabo falando uma besteira...