Você ter dualboot, windows e linux, certo? Mas a licença que permite o ruindow$ ser original você tem, ou vai lascar pirata. Pois os caminhos para a pirataria estão encurtando.
Mas respondendo sua pergunta, se quer o ruindow$ instalado na sua máquina, instale-o primeiro e depois jogue o Ubuntu encima, o ubuntu se encarrega de fazer dualboot.