Não deve ter problema nenhum.
Afinal o Unity is baseado em Gnome, sendo mais uma espécie de plugin do que propriamente um DE distinto. A maioria dos outros foi desenhada a partir do zero e por isso normalmente são muito diferentes entre si. Mesmo assim raramente há problemas. Isso sim, com algumas combinações (exemplo: Gnome + KDE) vai haver aplicações duplicadas para uma mesma função.