Para mim usar o certificado no Ubuntu (ou no Xubuntu) não era o problema, usava-o no site da Receita Federal e no Libreoffice sem problema. Porém nunca consegui usar o PJE (pelo menos no TJMG e no TRT3), acredito que o problema seja no Java.
Conforme na imagem abaixo, consigo inserir a senha no token, porém o sistema da Justiça simplesmente não passa para a próxima página. Frustante!
Por fim, não sei o que o CNJ irá fazer com fim do NPAPI e do JavaScript. Inclusive não é possível usar o PJE com o Java Oracle 9.
Se puder auxiliar, eu agraço muito!
Eu também estou com o mesmo problema. Assinador funciona, consigo inclusive assinar documentos dentro do pje, mas não entrar.
Quando tento acessar o sistema pje com o assinador, não consigo, identicamente ao problema do amigo que cito.
Entro com a senha nos que permitem entrar, dentro o assinador funciona. o Grande problema é para cadastrar novos processos.
Esse problema é um que merece atenção de nossos magos aqui.
Acredito que muita gente esta enfrentando esse problema.