Bom seguinte, o problema foi solucionado!
Eu formatei o hd para FAT32, o linux trabalha melhor com esse formato. Testei com o ntfs-3g, ele gerencia bem partições NTFS, porem quando removo o hd (Esperando 30s or mais) ele corrompe os arquivos, sendo necessario formata-lo novamente. O ntfsprogs gerencia perfeitamente, porem nao deixa gravar... Enfim meu problema foi solucionado desta forma!
Obrigado !