No Ubuntu não existe .exe.
Existem 3 maneiras básicas de instalar programas no Ubuntu...
1)- pelo Synaptic - Sistema >Administração > Gerenciador de Pacotes Synaptic (fazendo a procura do programa)
2)- pelo terminal com o comando : sudo apt-get install nome do programa.
3)- Aplicações > Adicionar/Remover.
Os programas vem em forma de pacotes ( .deb ).
Sua sources.list precisa conter os pacotes com os programas para vc poder instalar.
Bem de posse disso é só pesquisar aqui no Fórum...
Sugiro que vc comece por aqui:
http://ubuntuforum-pt.org/index.php/topic,18757.0.html