Ainda é achismo. Do dicionário:
1. Fundamentação de uma ideia, de um conceito, de um julgamento apenas em palpite ou opinião subjetiva, sem qualquer outra base ou evidência.
Se a intenção não é essa, informa os parâmetros* utilizados e o tempo exato da cópia nos dois sistemas, de preferencia usando um série* de baterias.
*Sistema, arquitetura, sistemas de arquivos envolvidos, modelo e marca do pendrive, etc, etc...
**Uma série como a cópia de um grande volume de pequenos arquivos e depois a cópia de um único grande arquivo.
Já adianto que:
-É esperada uma perda no desempenho se a cópia for entre sistemas de arquivos diferentes.
-Se está formatado em NTFS o desempenho, no linux, pode ser pior ainda.