No modo gráfico Unity, que é padrão do Ubuntu 12.04, isso não é possível diretamente pela interface. Em janelas não-maximizadas, os botões podem até ficar dispostos na direita, mas sempre ao maximizá-las, os botões voltarão para a esquerda ao se mesclarem com o painel superior.

Ouvi falar que isso se dá porque, diferente do Gnome onde tudo de personalizável nele é jogado para arquivos XML, esse é um dos recursos implementados de forma hard-coded. 90% do Unity é feito em C++ e é compilado, de modo que alterar coisas que sejam hard-coded só é possível se baixar seu código-fonte, fazer as alterações no código (no braço mesmo), recompilar seus binários e ativá-los no seu sistema. Em suma: um trabalhão.

Esse problema acontece não só com os botões fechar, maximizar e minimizar, como também com o fato de não ser possível mudar a posição da barra lateral do Unity para baixo ou para direita. Tambem trata-se de um recurso implementado de forma hard-coded, de modo que para personalizar isto, é preciso alterar seu código-fonte e recompilá-lo.

Por que não o Faenza, embora estes sejam bonitos?

Faenza ícones: http://tiheum.deviantart.com/art/Faenza-Icons-173323228