Caros, aprendi por volta de 2 meses atrás a fazer aparecer o ícone do Spark na barra quando você seleciona a opção x ou - . A solução é simples:
*No Terminal, sem estar logado como SuperUsuário, inicie o Spark e conecte-se ao mesmo (insira nome e senha). Após logado, aguarde até que todos os contatos apareçam. Isso criará um perfil no Ubuntu. Então clique no botão "Spark" e, no submenu, na opção "sair".
*Agora, através do terminal, digite a linha abaixo:
vi .Spark/plugins/jniwrapper/plugin.xml
*Uma tela para edição abrir-se-á. Mova-se até a linha informada abaixo:
<os>Windows, Linux</os>
*Note que entre a palavra 'Linux' e a ',' que a antecede existe um espaço.Remova este espaço (sobre o espaço, tecle Delete).
Antes: <os>Windows, Linux</os>
Depois: <os>Windows,Linux</os>
Agora, para salvar as configurações, tecle ESC e digite !wq (comando que sobrescreverá o texto, salvando-o e saindo da tela de edição do mesmo).
Pronto! Conecte-se novamente no Spark e verifique se a 'chama' (logo do Spark) aparece na barra quando você o fecha ou o minimiza.
Ah, sobre a janela piscar ou algo parecido, quando uma mensagem é recebida, isto não sei. Se alguém puder colaborar, agradeço desde já.