Olá,
penso que a forma como escreveu a questão tenha ficado bem confusa e difícil pra interpretar ...
Talvez seja melhor tentar mapear a topologia de forma mais clara,
antes que qualquer usuário tente uma dica ou solução ...
[ RAID 0 ]
Teoricamente um RAID 0 com 2 HDs físicos de 160GB resultaria num HD de 320GB total.
[ GRUB ]
Pelo que entendí, vc tem 2 instalações completamente independentes,
assim, em situações normais, seria relativamente simples fazer o
GRUB optar entre o disco "zero"(RAID) e o disco "um", onde se encontra o Ubuntu.
[ Wubi ]
Nunca tentei com o Wubi, mas, me ocorre agora que talvez
o Wubi também possa ser considerado uma opção (no RAID 0),
caso vc não consiga configurar o GRUB no disco secundário ...
... é só um "chute" ... não sei se isso é possível ...
[ Restante do 360GB ? ]
Na verdade vc tem 3 discos físicos, certo, sendo que o terceiro é de 360GB,
onde vc mantém backups, ... estou correto ?
[ 'Em time que está ganhando, não se mexe' ]
Existe um ditado popular no meio do futebol brasileiro que diz,
que quando algo está satisfazendo uma necessidade, e,
essa necessidade está relacionada à coisas sérias ... então,
por enquanto, seria melhor não tentar "viver perigosamente" ...
Seu texto nos deixa com a impressão que o ambiente é de produção
e contém dados valiosos, assim, seria interessante testar com outros HDs primeiro ...
[ Mobo Intel ]
Já faz alguns anos que não uso nada Intel, embora tenha
uma ótima experiências com todas as mobos Intels que usei.
Em algumas outras mothers, no momento do boot, se vc teclar em F12
abre-se um menu oferecendo BOOT OPTIONS.
Procure se informar, pode ser que já exista uma "boot option" desde a BIOS, assim,
pode, potencialmente contornar a necessidade de configurar a BIOS todas as vezes ...
... se bem que as "options" sejam um tanto restritas ...
Um grande abraço.