Eu edito o próprio tema, mas já aviso que não é fácil.
Se vc. usa um tema personalizado (estou usando o class agora, que foi disponibilizado no Gnome-Look mas foi retirado porque infringe copyright) e troquei alguns ícones (lixeira, HDs, Opera entre outros).
Para fazer isso fui à pasta dele /home/meu-user/.icons/class e substituí os que eu queria.
E se vc. quiser fazer isso com o tema human, por exemplo, a pasta será /usr/share/icons/human. Abra as diversas pastas (neste caso, divididas por "tamanho do ícone": 12x12, 16x16 etc.) e substitua os ícones ao seu gosto (em todos os tamanhos).
Recomendo copiar o tema para sua pasta de usuário primeiro e ir anotando as mudanças que fizer, pois é muito fácil acabar "perdido".
Boa sorte.