Você tentou baixar o Eclipse ME para Linux
Eu brinco um pouco com J2ME no Windows, pois já tenho tudo instalado nele,
mas acho que não muda muito para o Linux.
Eu tenho o NetBeans para Linux, é praticamente idêntico ao NetBeans para Windows e nele tem como programar em J2ME, então acredito que as outras IDEs sejam iguais também.