Eu uso o Ubuntu 12.04. Eu digitava metacity --replace no terminal e voltavam os ícones. Como já estou um pouco idosa, eu esqueço fácil das coisas, não conseguia me lembrar do replace. Um dia o firefox ficou sem esses ícones e eu cliquei na barra inferior e minimizei o Firefox. Quando cliquei de novo nele voltaram os ícones. Eu achei tão legal, que resolvi compartilhar com vocês. Não sei se serve para os outros problemas, mas para o Firefox, serviu. É só experimentar para ver se resolve.