Estava procurando um programa para criar bookmarks em PDFs (aqueles marcadores que ficam no painel esquerdo dos leitores de PDF). Não conseguia encontrar nenhum até que descobri o jpdfbookmarks. Realmente, é um programa fantástico. Tenho um PDF de 800 páginas, onde a numeração das páginas no texto não coincide com a numeração do programa. Por isso, eu precisava realmente de um programa para criar marcadores.
Após instalado, abra o PDF da sua escolha, vá navegando e adicionando com os marcadores. Os marcadores instalados são compatíveis com todos os leitores de PDF. Do Adobe PDF, passando pelo Foxit Reader (que agora tem versão para linux) até o Okular do Kubuntu.
Site do programa:
http://flavianopetrocchi.blogspot.com/
O programa é escrito em Java, logo é multiplataforma (roda em Linux, Windows, etc).