Usando o nautilus o delete envia para a lixeira (diretório /home/seu-usuario/.trash). Para remoção direta, se não me engano, você deve usar SHIFT + DEL.
Usando apenas o DEL aqui não foi pedido confirmação, enviando os arquivos diretamente à lixeira, enquanto que o SHIFT+DEL solicita confirmação, o que é uma boa, já que o arquivo é removido diretamente.