Eu sou uma dessas pessoas! Não use Wine. Ele é péssimo para rodar programas pesados como o Photoshop (que não funciona em últimas versões) e o Sony Vegas. Aliás, prefiro instalar o Windows numa máquina virtual, ou em dual-boot, do que usar a gambiarra precária que é o Wine. Sugestão: quer algo melhor, compre o Crossover (É o mesmo time, só que o wine é a versão grátis, e o Crossover é a versão paga).
Porém...
Como o colega web2000 disse, se quiser instalar um programa com a gambiarra do Wine, é só dar dois cliques e seguir o processo, como se faz num Windows.
Obs.: Hoje, só para testar, instalei o Wine e tentei instalar a última versão do navegador Opera, a 10.51 (ainda não saiu para Linux). Instalei tudo beleza, mas quando abria o Opera, ele fechava e dava um janela falando que deu erro e mandar relatório e blablabla... e vejam que o Opera é um programa leve hein... Resultado: expurguei tudo, o Opera pra windows e o Wine. 
Aff.. Sem comentários... -.-"
@Azuos Aqui eu utilizo o Photoshop CS4 e o Sony Vegas 9.0a tranquilamente e sem nenhuma "gambiarra", se você quiser eu explico como instalar!!
E sobre o gerador de partículas, dá uma procurada sobre "Lotus Particle System" e "Blitz3D", não sei se são para linux, mas mesmo assim dá uma procurada que você acha!
[edit] Particle Illusion funciona no wine também, é prata lá no AppDB, se você quiser, posso tentar lhe ajudar a instalar isso também no wine!
[]'s
Alyscom
