Não tem problema nenhum atualizar sem remover nada. O que você tem não são múltiplos sistemas, mas sim, múltiplos desktop environments, é o mesmo que ter vários tocadores de vídeo. A diferença é que um tocador de vídeo, normalmente, é formado por poucos ou mesmo somente um programa, já um desktop environments inclui vários, ai o ubuntu decidiu que compensava manter versões com diferentes desktop environments. O que muda de uma versão para outra são pequenos acertos visuais como papéis de parede e há troca de alguns programas por similares com melhor integração, ou seja, nada de importante, mas que ajuda na identificação visual.
Uma banana é uma banana, seja ela maçã, prata ou da-terra.