Consegui resolver.
Pelo ubuntu-tweak limpei o cacha dos pacotes e listas de pacotes e em seguida reiniciei. Depois, pelo terminal tentei executar o apt-get update e o sistema retornou que havia dependências quebradas e que deveria executar o dpkg --configure -a
Então, percebi que havia uma pendência relativa ao dropbox, especificamente no pacote de compatibilidade com o nautilus.
Para resolver, baixei o dropbox e instalei manualmente com dpkg -i e depois executei o dpkg --configure -a. O resultado foi a remoção desse pacote dropbox nautilus e a liberação da trava do sistema.