Rafael, agradeço a resposta rápida, mas não encontrei nenhuma pasta oculta do Base ou do LibreOffice na pasta /home, pelo menos não reconheci a pasta pelo nome, nenhuma das pastas ocultas tem nome parecido com Base ou LibreOffice.
Encontrei uma pasta (que não é oculta) criada pelo Base X e a pasta oculta criada pelo FlameRobin, que instalei para usar o Firebird, mas com esse também não consegui criar um novo arquivo de banco de dados, deu o erro abaixo:
*** IBPP::SQLException ***
Context: Database::Create
Message: isc_dsql_execute_immediate failed
SQL Message : -902
Unsuccessful execution caused by a system error that precludes successful execution of subsequent statements
Engine Code : 335544721
Engine Message :
Unable to complete network request to host "localhost".
Failed to establish a connection.
Há algum tempo tive um problema parecido com o LibreOffice Impress, que não conseguia abrir arquivos, que depois precisavam ser recuperados, mas continuavam não abrindo. Se me lembro bem, isso foi pouco antes de instalar o Ubuntu 16, o que acabou resolvendo sem que eu soubesse o que aconteceu.