Sobre a imagem do Windows... o que faz uma instalação ser pirata ou não é a licença. Você pode obter uma imagem da própria MS e instalar sem uma licença, e vai ser pirata, ou pode pegar uma imagem em algum site "por aí", e colocar uma licença válida, e a instalação não será pirata. O problema é que é comum que as imagens "por aí" serem "batizadas", ou trazerem algum tipo de "caronistas". Então, se você tiver como usar a imagem original da MS, sempre é melhor.
Mas, focando no problema do Ubuntu... se o processo colocar um lock no arquivo, ninguém será capaz de apagá-lo, até que esse lock seja removido. É comum que processos que vão alterar o arquivo de alguma forma --- como editores de texto --- coloquem locks no arquivo em edição.
O cliente torrent, de certa forma, está fazendo uma edição no arquivo (já que ele é criado, e depois, conforme os pedaços vão sendo baixados das várias fontes, são "juntados" no arquivo), mas eu não lembro de nenhum cliente que pusesse lock nos arquivos temporários, muito menos nos completos.
Outro detalhe é que o lock, em teoria, não poderia "sobreviver" ao processo, e de forma nenhuma poderia sobreviver à reinicialização do sistema. Se isso acontecer, seria um sintoma de problema no sistema de arquivos. Nesse caso seria interessante você dar boot em seu Kubuntu com o CD de instalação, e fazer uma passagem de fsck na sua partição de sistema.