A questão é, até a 9600 existem drivers abertos de aceleração 3D, que aparentemente funcionam bem, não sei como é a diferença de desempenho se compararmos ao Windows.
Eu tenho a 9800PRO e posso dizer que ela é uns 40% inferior ao que já foi no sistema proprietário, rodando com driver oficial, sem falar que a instalação do driver poucas vezes foi simples, na maioria das vezes é sofrível. Eu iria de NVidia sempre, aliás, não vejo a hora de trocar de placa.
O desempenho da ATI (agora AMD) em OpenGL sempre foi inferior à NVidia, mesmo no sistema operacional dominante, já li algumas matérias que dizem que mesmo se um dia a ATI acertar a mão nos drivers para Linux eles nunca serão tão bons quanto os da NVidia, porque o projeto da placa não foi pensado/otimizado para este tipo de aplicação, sendo o Direct3D sempre mais rápido.