Boas,
tive o mesmo problema. Embora este post seja antigo, creio que posso aqui colocar a solução para o problema.
A resolução passa por alterar o "dono" ou o "proprietário" da directoria/pasta. Usualmente o problema é causado pela utilização do root para copiar/criar directorias/pastas e ficheiros em vez de ter sido utilizado (correctamente) o nosso superutilizador. Por isso nas permissões dessas directorias/pastas e ficheiros unicamente como root se pode ver esses ficheiros. Podem sempre através do Nautilus alterar 1 ficheiro, mas não descobri como alterar todos os ficheiros de uma pasta e alterar ficheiro a ficheiro é impensável.
Eu também procurava sempre por "alterar permissões" pois é dessa forma que é mostrado quando via nas propriedades, e nunca encontrava a solução, pois as dicas eram para alterar o chmod para leitura, ou executável, etc.
Já conhecia este comando de Unix, mas não me estava a recordar de usar nesta situação.
A solução é alterar o "owner", assim para alterar toda uma pasta e os seus ficheiros, basta fazer na shell (consola):
sudo chown -R nome_do_utilizador: nome_da_pasta
explicação:
sudo - o comando sudo permite o utilizador executar um comando como superutilizador ou como o utilizador especificado no ficheiro sudoers
chown - comando "change owner" que permite alterar o dono e/ou grupo de cada FICHEIRO PARA DONO e/ou GRUPO
-R - Opção --recursive vai permitir operar o chown em ficheiros e pastas recursivamente
nome_do_utilizador - o nome do utilizador que passa a ser "dono" da pasta ou ficheiro
: - importante usar se pretende alterar também o "grupo" de root para o seu utilizador, exclua se não pretender fazer dessa forma
nome_da_pasta - nome que possui a directoria/pasta
Desta forma altera as permissões de Dono e Grupo.
Podem ver as restantes opções de sudo e de chown com o help na shell.
fiquem bem