pensei que ela estava especificada no httpd.conf.
A configuração do Apache do Ubuntu é "explodida", em vez de ficar tudo no httpd.conf, ele tem uma configuração central "apache2.conf", e vários arquivos de configuração separados, inclusive se vc quiser criar uma configuração qualquer, não precisa editar arquivo nenhum, basta criar um arquivo "/etc/apache2/conf.d/alguma-coisa.conf", e mandar o Apache reconfigurar. Assim tem menos risco de estragar a configuração do sistema mexendo "onde não deve".
O arquivo que tem a configuração do diretório "cgi-bin", por padrão, é o "/etc/apache2/sites-enabled/000-default" (link simbólico para "/etc/apache2/sites-available/default").