Acho que o jeito é criar os ícones para cada aplicativo com seus nomes, depois jogar tudo em uma pasta dividido por tamanho, 32x32, 48x48, 64x64, etc... E dentro destas pastas de tamanho apps, filesystem, etc... basta abrir uma pasta de ícones e dar uma olhada na hierarquia de pastas:
/usr/share/icons
Depois, cola a pasta aqui... Fiz isso com uns ícones do Conectiva 10 que coloquei pra usar no Kubuntu... Só troquei alguns que não gostei e pronto!