Nunca fiz nada igual, estou até curioso.
Mas, com certeza, vc terá alguns probleminhas. Um exemplo: o linux deixa gravado no fstab as caracteristicas gerais do seu micro, uma troca causaria uma dificuldade de inicialização, mas com grande chance de recuperação. Já tive problemas quando re-dimensionei outras partições e trocando o tipo de formatação. Felizmente consegui recupera-lo sem reintala-lo.
Agora trocar todo o hardware é mais complicado. Receber a mensagem KERNEL PANIC não será uma surpresa.
Quanto mais diferença entre o hardware antigo e o novo houver, piores as chances.