É possível, desde que se use nomes de usuário diferentes para cada um dos sistemas.
Isso, porque dentro de /home/$USER ficam gravadas as configurações dos aplicativos utilizados pelo sistema, em pastas ocultas. Então, se usar o mesmo nome de usuário para os dois sistemas as configurações serão conflituosas, pois o que está configurado paro o ubuntu não necessariamente serve de configuração para o fedora, ou debian
Agora, se usar nomes de usuário diferentes, como joao1 e joao2, ou joao-ubuntu e joao-debian, não haverá esse conflito e tudo ficara em harmonia.