Você está utilizando Ubuntu / Unity, certo?
Você está provavelmente carregando o Openchrome para as funções básicas do vídeo e utilizando a GPU virtual Gallium LLVMpipe para os efeitos gráficos e aceleração 3D.
Por isso o sistema está lendo, pois o LLVMpipe faz a renderização 3D por software, via CPU (Processador). Ou seja, seu Processador é fraco, não está dando conta... (o recomendável seria uma boa CPU de pelo menos dois núcleos).
Verifique o que aparece em Configurações do sistema > Detalhes. E execute o seguinte comando (poste aqui o resultado).
grep -i Unloading /var/log/Xorg.0.log