Tem certeza de que o erro é somente isso, não está faltando um pedaço aí nessa descrição do erro?
Experimentou refazer a atualização a partir do terminal usando o apt na sua forma inicial?
Tente dessa forma:
sudo apt-get update
Se ocorrem mensagens de erros essas deverão ser resolvidas antes de executar o próximo passo, pelo que a mensagem de erro completa deve ser postada aqui para que o fórum possa oferecer ajuda.
Se e somente se o comando anterior correr bem e sem erros e o problema ainda não estiver resolvido, então talvez seja o caso de fazer o próximo passo:
sudo apt-get upgrade
Uma possibilidade final é fazer o comando abaixo, mas não tenho muita certeza de ser adequado desde logo aplicar esse comando, pois existem várias outras opções a serem aplicadas antes dele, sobretudo se a mensagem de erro estiver incompleta, então talvez seja melhor aplicar os comandos acima, publicar eventuais mensagens de erros e aguardar:
rm -rf /var/cache/apt/*
Esse comando acima irá apagar tudo o que estive no cache do apt, realmente não sei se isso é uma boa ideia, embora tenha resolvido idêntico problema, apenas que no Fedora, onde lá a sintaxe é # rm -rf /var/cache/yum/*, seguido de um # yum makecache, então, por analogia, seria o comando indicado acima, mas como disse, existem outras opções antes disso, acho melhor aguardar melhor ajuda do Fórum e explorar mais a questão.